对于好不容易拿下的小日本，朱显波当然不愿意轻易放弃了，加上各地的残余军阀并没有完全消失，朱显波值得陆续派朝中大臣前往大阪、京都各地。对于很少有海外殖民经验的大明朝廷来说，一个倔强的崛起中的日本是很难驯服的。
紧接着祖大寿被任命为日本总督，全权代理日本事务，出发之前，朱显波特意将祖大寿召回京师当面叮嘱。
“祖爱卿，此番前去日本比你和袁崇焕将军在辽东所面临的局面还要更加复杂和困难，朕希望你多和当地大族搞好关系，同时时刻隐秘监控各地方势力，对于岐阜、长滨。小田原等地的铁炮铸造所要严密监控，能撤的要下令撤掉。对于安东、江户、房总等水军能收编的收编，不能收编的要尽快遣散。”
“对于岛津、伊达等大名要实行拉拢政策。特别要防范那些里所的忍者，还有各地比较有实力的商人如岛井宗室、角仓了以等要向他们做出相应的承诺，主要是保障商道通畅和税赋稳定。实在不行，朕就将训练几年的特种部队交给你一段时间，用于应付局面。不过你要确保他们的安全，尽量减少伤亡的情况下，悄悄行动。”
“微臣明白。”
“还有将你外甥吴三桂一并带去吧，也好有个帮手，你的家眷你自己安排，如果不能适应那边的生活，就让他们搬到京师来，朕派人照顾他们。”
“微臣谢皇上隆恩，臣已于贱内商议，臣一人前往日本，夫人携四子留在朝鲜。”
“朝鲜也是荒蛮之地，还是搬到京师来吧，如果将来日本治安好转了，你有十足的把握控制局面了，商船直达的，你就和郑泰等人商量下，让他们母子多去看看你。”
“微臣谢皇上隆恩。”
祖大寿心里其实很明白，如果自己一开始就提出来将家眷迁往日本，皇上不一定同意，更何况那边环境复杂，刚刚臣服，皇上让自己的妻儿进京也是为了更好的保护他们。毕竟小日本的忍者也不是吃素的。只有等将来治安好转了再做打算。毕竟要征服一个国家不是件容易得事情，何况是小日本，他们已经习惯了欺侮朝鲜、琉球甚至大明。
对于祖大寿和吴三桂，朱显波是寄予厚望的，尤其是吴三桂，如果祖大寿能稳定日本局面，那吴三桂将是下任日本总督的不二人选。确实，培养一个殖民地的总督比培养一个尚书还要难，所面临的林林总总的考验必须有亲身经历才不至于慌神。一个十多岁就从军，二十来岁独挡一面的军事天才，再加上几年的政治磨练，是最理想的。
很快祖大寿带着随从赴任，朱显波给他提供了五万步骑和两千水师，步骑兵主要驻扎在京都周围，水师在驻扎在大阪于长崎、美保关等形成半包围。
但朱显波知道，这只是形式上的占领和殖民，离真正的实现统治还差很远。于是命令戚宏亮等加紧训练水师的同时，北海舰队主要穿梭于江华岛、长崎和坊津港之间以便随时响应祖大寿的号召。当然谁也不想真有响应号召进日本救援的时刻，希望控制住日本皇室就能平平安安的。
正如朱显波所担心的那样，祖大寿到任后的第五个月即向朝廷求助，请朝廷派遣舰队消灭日本沿海作乱的水军。原来那些来不及地方或者进京亲王的大名们很多不愿意自动解散武装，但陆地尤其是京都被明军彻底占驻，只好纷纷投向东北水军。
朱显波也明白，想日本彻底臣服是需要漫长的过程，既然有些人想盘踞海上，不服从大明的统治，那么必要的打击是需要的。于是下令两只舰队再次进发，目标直指丹后、安东水军、房总和残留在江户的周围的势力，伤不起率北海舰队从背面进攻出美保关一字要求清理到北海道。穆友前率东海舰队经坊津到大阪与祖大寿管辖的水军会合后，经鸟羽、冈本直至石卷。任务就是最大限度的打击日本残余的水军有生力量。
另一方面密令祖大寿加速瓦解日本皇室和德川幕府的，实现真正意义上的殖民统治，对于当地的支持或者投靠明廷的商人和地主予以政策倾斜，同时要找机会打压那些顽固拍，并鼓励明朝官民前往日本经商和种地等。
两只舰队的清理工作很快完成，由于拥有强大的火炮，很多日本零散水军基本没有抵抗，伤不起下令柏椅和十三凑两个港口，彻底让安东水军无藏身之地，南边穆友前的清理工作则显得有点艰难，由于太靠近江户，日本的残余势力都在周边集结，穆友前只好想祖大寿请求支援，祖大寿随即令吴三桂从陆路经清州、冈崎、小田原等城镇与穆友前得水师在江户会合。
水陆两支部队顺利拿下冈本港后，穆友前继续北上，吴三桂则带领步骑兵在江户至鹿岛之间继续清理日本残余势力。吴三桂不负重望，光这江户周围就消灭近万日本军人，收缴各类兵器数千件，当然大部分是要运回去炼炉了。
两只舰队的第二次东征花了两个月时间，终于将日本沿海的港口要么占领，要么摧毁。从而让日本各军阀的残余势力失去了另外一个藏身之地，很多顽固分子只能上山。两支舰队才算停止了军用海港的清剿工作。
祖大寿在日本站稳脚后随即向大明朝廷申请大量移民到京都附近，朱显波即可督促礼部尽一切可能满足祖大寿的要求，并要求商船队和舰队负责将有移民意愿的安全送抵大阪，对第一批移民每人补助二十银元。短短两个月郑泰的商船就将近三万来自山东、河南等地的农民送到日本，祖大寿将他们安排在奈良、长滨、龟山和大阪附近，分给大量土地，并免除其前三年的税赋。
祖大寿提议大面积收缴当地地主的土地以供给源源不断的大陆移民，朱显波怕祖大寿出事，随即让戚宏亮调特种部队近两百人随船前往日本，主要用于维护京都与大阪治安。祖大寿接到这份大礼之后就在当地轰轰烈烈的展开圈地运动。曾有不少忍者想刺杀明廷官员，都一一被前期到达的锦衣卫和后来增援的特种部队一一化解。
有了舰队的海上巡逻，和祖大寿的殖民政策，日本渐渐平复，朱显波想象中的第一个海外殖民地终于成型了。在后来的世界征伐大战中为其提供了源源不断的财富，这是后话暂且不表。
两百人的特种部队到达京都后啊，祖大寿一切都不让他们闲着，通过和锦衣卫的合作，陆续捣毁了十几个日本忍者的里所，那些排华的强硬派，在几个月内陆续遭到暗杀，一时间日本朝野人心惶惶，而大明帝国的特种兵则威名远扬。
而接下来祖大寿更是利用手中的特种部队做先锋，陆续将遍及日本各地的道场一一捣毁。祖大寿之所以这么做也是受朱显波启发，大明皇上能利用江湖人士组建特种部队，那么一些有想法的政治家就能利用这些道场做掩护训练大批精锐叛军，如果不及时捣毁，后患无穷。大寿在呈给朱显波的奏折中对特种部队大家赞赏，希望皇上能让该部队在日本多呆段时间。朱显波暂时也没啥特殊任务给特种部队，就答应了祖大寿。
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