太古之时，无天无地，无形无体。宇宙混沌，只有阴阳二气。混沌气动，阴阳和合，就诞生了没有喜怒哀乐的诸神始祖——元神。
元神牵动宇宙，形成生气。虚无中出现了宇宙。万物繁衍，一派生机勃勃，令元神出现了“快乐”。但正当他充满喜悦之际，生生不息的宇宙却自动膨胀扩张，遍布十方。如此浩瀚宇宙，令元神也感觉到了自己的渺小，于是他产生了“恐惧”。
为了消弭恐惧，元神运用先天具有的神能，冲破时空界限，穿越过去未来，欲寻求“终极”的奥秘。但十方无限，漫无边际。元神再神通广大，也终于精疲力竭。于是不由自主，再度突破虚空，穿过九霄云端，投向人类所居住的大地。正是阴阳两极的交界点：蜀山。
踏足黄土，元神竟用额头触地，沉思探究他从十方搜罗得来的知识。可惜阴阳虽然同体，思维却不能达成共识，元神殚智竭虑，意乱神分，以至痛苦莫名，终致元神躯体分裂，各自形成了阳神和阴神。
阴神认为生机不绝，引发的恐惧祸患也不绝，必须诛灭十方才能得到平静。阳神则坚持生灭循环才是快乐根本，不容阴神破坏自然规律。
两神各持己见，互不相让。于是演变成自相残杀。一拼之下双方同归于尽，形神俱灭，阴阳二气也随之散泄回归天地。只留下了因为阴阳思维领会各异，而贯注在大地之上所形成的旷世绝学《无字真经》之《元始》和《终极》两大篇章。
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阴阳生四象、化五行。经历万元（四千五百六十岁为一元）之后，阴阳二气再度各自衍化成形。阳气聚成元始天尊，阴气聚成元祖天魔。两者和阴神阳神一样，依旧各走极端，水火不容。元始天尊与一众子民迁居大地，成为人类始祖。而元祖天魔则率领魔兵大举入侵，爆发史上第一次正邪大战。
天魔败阵，却不甘失败，竟要吞天蚀地，毁灭十方。元始天尊于是决定舍身阻止天魔，两者玉石俱焚同归于尽。一切魔气都被驱逐出穹苍绝境九重天外，天尊以本身元神构成天机法网，天魔永远囚禁。
百足之虫，死而不僵，天魔谋求自救，元婴幻化成十颗魔珠投放大地，以求他日饱吸人类的负面感情，形成魔兵。又借助万年一度的六阴之时，向大地分别吐出两口魔气化成自己的分身，期待他日分身可以用魔兵破坏天机法网，并且释放本体。
元祖天魔的第一口魔气，形成了大天魔。从此为祸人间，传下天魔功。四蚀五绝歹毒霸道，于商周交替之时曾附身纣王和姬考身上兴风作浪。后来虽然先后败亡，但元神不死，更传下大天魔一脉法统。伺机借体还魂，成为后来历代真龙天子的夙敌。
而元祖天魔的第二口魔气，则化身为东汉末年武林正派之首，神道盟少盟主独孤星夜。独孤星夜十八岁成人礼时觉醒而入魔，自称玄天邪帝，弑尽父母兄弟，创立邪道盟一统江湖十四年。期间更凭超人智慧，创立了包罗万有的六卷《天魔策》。
十四年后，邪帝欲取天外魔珠。于是请来鬼谷先师作法。未想鬼谷先师竟使出偷天换日*，使邪道天宫毁于陨石撞击之下，邪帝本人也和陨石心房融为一体，从此开始了他的百年囚禁。邪道盟四散流落，因和邪帝的亲疏关系分为祭司、帝姬两大支脉。而更有部分人等得到六卷《天魔策》，与大天魔一脉相互融合，从此成为隐世不出，却暗中操纵朝野政局的魔门两派六道。而历代魔门的最高权力者，皆袭称“邪帝”。
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天尊与天魔一战以后，苍天出现缺口。阴阳二气混沌不清，以至于大地上毫无法则，凡所诞生之人、物，皆天生恶性。东极帝君与西方王母为了拨乱反正，于是从西方尽头处采来玄玉，从东方尽头处采来白金，耗尽心力，花费千年光阴而炼成了天神兵〖阴阳令〗。
西方王母发挥阴令磁力，吸引阳气聚集于天。东极帝君则发挥阳令威力，让阴气沉降于地。从此日月交替，阴阳定规，化戾气为祥和。但不料阴气长年累月沉淀人间，逐渐又在阴阳交界点的蜀山绝谷形成了邪恶温床，滋养出一头异形妖魔。
苍生蒙害，东极帝君与西方王母不得不下凡除妖。连场血战后终于成功将异妖赶回蜀山绝谷。为防再有后患，于是投下阴阳令以作镇压。使人间得保千年太平。但异妖狡猾非常，早在逃回蜀山之前已经把自身精元孕育出大天妖，被镇压的仅是毫无力量的残魂而已。
大天妖潜伏世间，不断兴风作浪。于商纣王时期化身为妖帅，意图压下大天魔称霸天地，但被周天子姬发以天剑贯穿天灵一命呜呼。大天妖妖魂脱体逃走，却又被太乙真君擒住，将其镇压于峨眉金顶兜率宫的八卦炉内。天妖战甲则连同〖天妖屠神法〗流落民间，千余年之后，被李渊的祖父李虎所得。
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远古之时，西南巴国有一奇人，名太昊伏曦氏。他得天独厚，能通禽言兽语。从中得知天南地北之奇，无所不问，广集知识如汪海之博，好奇心跨越天地，泛起天地因何而生的妙想。于是他凭日月升降，领悟出乾坤奥义，引申出太极立论，从中领悟两仪五行之说，并把自己的武学分为天、地、王三卷，起名《上天下地至尊功》。
伏曦智达穹苍，于是遨游太虚，却意外遇上了元始天尊的坐骑龙马。龙马欣赏伏曦智慧，于是驯服下来，向伏曦展示了八卦图，使其得窥能尽知天机的八卦算式。龙马又带着伏曦闯进天宫禁地，却遇上了雷公电母。天宫重地，凡人当然不能乱闯。雷公电母于是立刻出手阻杀。
玉帝为警惕世人恶行，矫正邪风，而特别以东西方奇金，分别铸造成雷剪电叉两件神兵。雷电合壁，就是代表公正的天神兵：惊邪。
龙马四肢被雷公电母斩断，化为四枚卦令。却汇聚阴阳真元，构成了充满大智慧，包含阴阳八卦奇能，可以衍生不同大自然威能的天神兵：十方俱灭。
太乙真君惟恐伏曦惊动天魔，于是结封天大阵意图击杀伏曦，未想惨败于十方俱灭之下。九天玄女及时下凡，带伏曦前往穹苍绝境九重天外的天机法网，使其得知天魔的存在。伏曦觉悟前非，决定在大地结奇门阵法呼应天罗，消耗天魔的魔力以化解浩劫。伏曦得到玄女帮助，说服了雷公电母交出惊邪，加上十方俱灭，又舍身与瑶池圣水结合，化身大智慧圣球，在南蛮之地构筑成灭邪玄网。数百年后，却被蚩尤发现，于是再在玄网之外建造秘窟和万劫境界守护，留为他日后着。
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元始天尊之后，女娲成为了诸神的领袖。为了修补因神魔大战而出现缺口的苍天，女娲前往穹苍绝境，以求取天地精华所成的五彩精石。却遇上千条恶龙阻挠，不容女娲飞上穹苍绝境九重天。
女娲削下臂肉化为灵龙，灵龙与千条恶龙剧战连场，女娲则乘机脱身。灵龙虽然灭绝恶龙，但自身也已经筋疲力尽跌落凡间，于是化为神木，被后人制成一张奇琴。右弦弹奏，可显龙威震碎万物；左弦弹奏，可令神魔心神俱乱，狂舞至死。两弦并奏，则将灵龙忠贞复生的事迹重现天宫云层之上。玉帝得知真相,感激灵龙忠义，于是将龙族后人分掌四海。而此神琴亦被封为天宫宝物,取名〖神舞〗，代表忠贞。
女娲得灵龙帮助，终于成功登上穹苍绝境九重天。却又意外遇上了天魔元婴幻化的魔珠。二者展开连场激战，女娲终可取回晶石炼化以补苍天。但炼石之地吸收天晶神力，成为十全福地。凡人只要通过炼石之门进入福地，再行九转乾坤*，就能具有九五命格，成就帝皇宿命。
女娲补天以后，有感天魔魔魂未灭。于是将自己毕生的所学所悟，全部刻于十块晶石之上，流传后世。即为惊世绝学《浑天宝鉴》，从此被誉为皇者天子的武功。女娲仍感不足，于是决定再将晶石炼化为神兵。付出八百万年修为，再加上自己双腿和左臂血肉，终能铸造出子母双剑。合并为一，就是天神兵〖天晶〗。
可是一试之下，女娲却发现天晶威力更超过想象，本身就已经具有了灭世之能。有感凡夫俗子无法承受驾驳，女娲更吐出本身的真元绿珠融于剑中，留待有缘。
没想到绿珠才吐出，女娲立刻察觉有异，原来当日恶斗十大魔珠，已经被魔气潜伏在自己体内，形成了狡猾无比的幻魔异魔。女娲当机立断引剑自剐，意图和异魔同归于尽，却还是被异魔元神逃脱。女娲神灭，天晶从此流落世间。因为曾经弑主，天晶从此更被种下诅咒：富贵绵绵，浩劫茫茫。
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女娲与产生于自身的异魔同归于尽，异魔元神逃脱，肉身则堕落西方极地。西方邪灵之主罗刹，与异魔尸身激战，拔除异魔的六条手臂，再以地心毒火精炼，铸成了集天下万毒阴邪于一身的天神兵〖噬魂〗。罗刹手持噬魂杀上天庭，满天神将皆被击倒。玉帝女儿微阴于是献计，愿意委身罗刹，以真爱感化邪魔。
罗刹最初只是被微阴美貌吸引，但结为夫妇后逐渐受其感化，有意改邪归正。但玉帝害怕罗刹善变，于是委托掌管雷电的大雷仙铸造可以克制噬魂的神兵。但大雷仙久久未能成功，玉帝等待不及，联合雷公电母，以五雷轰顶偷袭罗刹。噬魂断成三截。
罗刹愤怒之下，以自身筋脉接续噬魂形成三节棍。却意外误杀微阴。罗刹心神大乱，战意全失，被五雷轰顶打入九幽绝域，施以天罗千神封印*囚禁。罗刹败亡前送走噬魂，诅咒得噬魂者必与天地为敌。
但就在罗刹败亡之后，大雷仙却终于出关，铸成了可以集合九天紫雷的天神兵〖雷刀〗。大雷仙一向暗恋微阴，得知微阴身死，不禁怒发如狂。太乙真君算出罗刹还有一次转世的机会，于是劝说大雷仙下凡投胎为人，替微阴报仇。
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大雷仙虽然转世，罗刹之妹黑母，却发誓要为兄报仇。她自知力量不足，于是不惜将自己九个儿子活生生剥皮拆肉，抽出血脉铸成邪箭以及足以诛神的神弓。黑母一弓九箭射击天庭。笼罩天宫的云屏层盾亦被射破。幸好箭神后羿及时以逐日箭射杀黑母，令九箭失控散落穹苍。天宫侥幸逃过大难，玉帝亲自下令，凡意图重夺九箭者即有心诛天，必先遭天诛。从此这张奇弓连同九箭，就被称呼为〖天诛〗。
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噬魂重回西方大地，千年后被人得到，借助神兵和罗刹的武功〖罗刹魁〗帮助，建立了大罗刹宗。但罗刹魁神功以凡人之身无法承受，所以历代大罗刹宗主都有廿七大限，廿七岁必亡。当第十代宗主归天之际，宗内一名重臣受邪能感染，于是偷走神兵远赴中土，解除了罗刹的封印。罗刹魂魄转生，却成为了双胞胎。其中的女身，其实是微阴公主转生。大雷仙解除雷刀封印，打败微阴公主的转生，并娶他为妻，同样生下一男一女。
不久之后，真正的罗刹转生到来寻找微阴公主的转生。与大雷仙展开不死不休的夙命决战。雷刀斗噬魂，令天地变色，神惧魔惊。但最终两人也两败俱伤，而微阴公主的转生体罗刹女，却为了阻止二人同归于尽，再度被罗刹误杀，大雷仙的一对子女也遭重创。太乙真君及时下凡，说服罗刹自毁元神，将本身灵力灌输以拯救微阴的一双子女。
罗刹觉悟，放下执着仇恨而去。但大雷仙依然不服。太乙真君剥夺大雷仙的仙身，使他真正变成凡人。雷刀亦威能大减。大雷仙发誓从此要在地上称霸玉帝看齐。即使自身无法办到，后代子孙也一定要实现这个愿望。从此雷刀和大雷仙的武学〖紫雷七击〗，就成为南蛮项氏一族的绝学，世代相传。得到千年之后，项氏后人项羽，与真龙天子的刘邦争天下而失败，霸魂被长拘地狱，雷刀也蜕变为地狱雷刀，恢复了不下当年九天雷刀的威力神能。
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女娲神灭以后，大地上依然妖魔肆虐。百姓生活痛苦。有非人非神非仙非妖非魔的神农氏，为了大地人民安康快乐，于是不惜亲口尝遍万草千石，试其药性和毒性，以教导人民种植五谷和采草药治疗伤病，其中过程艰苦之极，神农因而中毒濒死不下百次。后来神农无意中得到一枚九地玄玉，于是以千药千毒浸炼，成为一柄能医百病，又能释毒杀人，甚至起死回生神效的绝世天神兵〖神农尺〗。
但神农尺最初其实不能完全消弭伤病，反会累积毒性传给主人。一名江湖游侠王傲，得到神农尺后建立了药王府造福世人。而他的好友阿飞于是决意寻找并修炼大神盘古所传的〖五极神功〗，将其强大神力贯注入神农尺中，以弥补神兵缺陷。却突然走火入魔狂性大发到处杀戮，幸好王傲及时赶到阻止，令阿飞恢复清醒。阿飞愧于曾杀害无辜，于是用神农尺自裁，五极神功的神力也注入神农尺，两者融合成一，从此神农尺不再祸主，成就完美的天神兵，而五极神功也隐藏于尺身花纹之上，等待后世真主发现。
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女娲炼石补天以后，妖魔蛮族依然各自据地相残。大地一片混乱。为了化解怨戾杀气。女娲派轩辕黄帝下凡征讨。黄帝仁厚，教化太初万民，只有蚩尤不服，逐成两强相争之势。
黄帝初时节节胜利，蚩尤无奈，只好节节后退。某日忽然得遇天外异妖。此妖凶残无比，喜欢食人吞皮化骨。蚩尤企图以之炼成神兵，于是不断喂食。岂料异妖贪得无厌，连蚩尤的亲生骨肉也吃掉，就此化为怪石。蚩尤企图动手炼兵，异变又生，怪石竟然反噬其主。蚩尤坐骑战虎护主心切，一口吞噬怪石。蚩尤马上将怪石抽出，却已经和战虎的脊骨融合，成为凶中之凶的天神兵〖虎魄〗。
蚩尤得虎魄帮助，大举反攻黄帝。黄帝不敌，只好败退。却又有上界花神仙子下凡，意图效仿当年微阴公主而感化蚩尤。此举果然成功，蚩尤戾气消减，和花神退回南方。女娲娘娘则再命九天玄女下凡，为黄帝送来南北精铁，意图铸造神兵对抗虎魄。经历九次不成。九天玄女毅然投身洪炉，将自身精气元神与南北精铁融合，成就了有无穷变化的正义天神兵〖太虚〗。
黄帝得到太虚，再与蚩尤相斗。两大神兵拼得日月无光，就在最紧要关头，虎魄的战虎忠魂不忿为主所杀，突然反噬蚩尤。蚩尤落败，魂魄溃灭。其中力量最大的一缕残魂回去与花神见面，从此藏匿于万劫境界之内的蚩尤秘窟，等待他日重生的机会。
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黄帝惨胜，正欲回天休养，却又遇上意图争天下的炎帝。炎帝本无帝皇之，但却凭着大决心和意志。闯入了女娲炼石补青天的十全之地，行使九转化乾坤交融天地，逆改命格成就九五。更趁黄帝伤重而出手欲夺天下。幸好玉帝下凡亲自出手，炎帝重伤垂死，以无匹怨气感染了玉帝配兵，成为天神兵〖炎帝剑〗。为了封锁此剑不令其出世，黄帝之女旱魃和爱将应龙，舍身与千年温玉、万载阴石融合，成为神兵应龙和妖兵旱魃。牢牢封印炎帝剑于天山。
又是数千年之后，阴阳令传人在天山与敌激战，释放出扭转时空的异能。炎帝竟借体重生，意欲再度争霸逐鹿于天下。其时天晶传人全力阻止，为了迎战天晶，炎帝不惜舍命以身炼兵，将炎帝剑改造成更强大的天神兵〖神皇〗。可惜神皇不灭，炎帝自身却被天晶传人击败。神皇落入妖盟盟主九千岁之手，从此下落不明。
另一方面，黄帝功成飞升天界，即位天帝。而玉帝则下凡历劫，铸造出与真龙天子血脉相连的神兵〖天剑〗。在商周换代一战中，玉帝神灭，元神寄托剑中，平息天下干戈，再造太平盛世的责任，则交托了新一代的天子姬发。从此天剑成为天子神兵，后更与雷刀成为夙敌。
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苍天未补，大地洪水泛滥。大禹奉命治水，努力百载光阴。无奈江凶河恶，进度缓慢。某年洪锋高愈千丈，势必覆盖万里淹没苍生。大禹叩天万响，哭出血泪，终于感动苍天。一头凤凰从天而降，洒下九片羽毛化成银甲，大禹将之并成巨斧，一劈之力竟然裂地千里，通河入海化解巨劫。
大禹得巨斧之力治水成功，将神兵命名为〖凤皇〗，成为象征“救世”的天神兵。但大禹也因此耗尽心力油尽灯枯。正等待死亡之时，凤皇突然幻化不死之鸟，以银血为大禹续命重生。大禹有感凤皇可以起死回生的力量违反自然规律，于是将组成凤皇的九片银甲卸下一片，藏在自己胸膛之内。
几百年之后，第九片银甲被蚩尤后裔族人得到，而收藏在蚩尤秘窟的万劫境界之后。成为令蚩尤重生的关键。而凤皇则流落苗疆，成为当地苗王的神兵，创六式〖神斧诀〗配合。
蚩尤秘窟一战，苗王火凤凰终于得回第九片银甲，组合成完美神兵。但其后凤皇又被化为凤凰之心，安装进被异魔-牛郎掏心而死的天晶传人南宫问天胸膛中。问天得到凤凰之心，从此不老不死，成为了半神之身。